知网查重自动忽略致谢的主要原因在于致谢部分往往是文本中的重复内容，而查重系统会将重复内容排除在查重范围之外，以确保准确性。因此，致谢部分不会被计入查重结果，不会影响文本的原创性评估。如果想要避免致谢部分被忽略，可以在提交文本时将致谢内容单独标注或采取其他措施，以确保查重结果的准确性。

对于致谢部分的处理，可以在文本中将致谢部分标注为特殊内容，或者在提交查重时选择特殊设置，指定查重系统忽略致谢部分。另外，也可以在撰写文本时，避免将重要内容放置在致谢部分，以减少对查重结果的影响。总的来说，了解查重系统的规则，合理处理致谢部分，可以有效提高查重准确性，确保文本的原创性评估。